Eischott wurde 1324 erstmals urkundlich als Eyzcot erwähnt. Die ursprüngliche Dorfform war die eines wendischen Rundlings. Laut einem Siedlungsverzeichnis um 1850 bestanden zu dieser Zeit zwölf Bauernhöfe. Bis zum 19. Jahrhundert lag der Ort unmittelbar am Wipperteich. Das ehemals 200 Hektar große Gewässer, das der Fischzucht gedient hatte, wurde 1841 trockengelegt. Die Eingemeindung Eischotts nach Rühen erfolgte am 1. Juli 1972 im Rahmen des Wolfsburg-Gesetzes.[2] Zugleich wechselte Eischott vom Landkreis Helmstedt zum Landkreis Gifhorn. Rühen mit Eischott gehörte fortan zur Samtgemeinde Rühen, die 1974 in der Samtgemeinde Brome aufging.

Der Ort Rühen wurde bereits 1366 als Rughinghe urkundlich erwähnt. Erst ab 1658 ist Rühen geläufig. Die Bedeutung des Namens ist umstritten. Vermutlich bedeutet der Name „Salweidenstand“. Rühen entstand neben den anderen Siedlungen des Vorsfelder Werders im 12. Jahrhundert als wendisches Rundlingsdorf. Viele wendische Flurnamen und der gut erkennbare Rundling im Süden des Ortes erinnern daran. Jahrhundertelang gehörte Rühen zum Einzugsbereich des Werder-Hauptortes Vorsfelde, das bis in die Nachkriegsjahre des Zweiten Weltkriegs auch Kirchort war. Somit war Rühen braunschweigisch.

Der Drömling spielte für die Rühener Bauern eine große Rolle, zunächst als Holzlieferant und Viehweide. Oft kam es aber vor, dass nach heftigen Niederschlägen das Heu auf den dann überfluteten Moorwiesen schwamm. Daher war auch der Holzeinschlag nur im Winter möglich, wenn das Niedermoor gefroren war. Der Baumbestand wurde parzellenweise abgeholzt, um Brennmaterial zu gewinnen; Weidenzweige wurden als Flechtmaterial für Körbe und Kiepen geerntet. Dadurch wurde der Baumbestand nie älter als rund zehn Jahre.

Ackerbau wurde auf den Niedermoorflächen erst durch die Rimpauschen Moordammkulturen möglich, die in den 1930er Jahren angelegt wurden. Dies geschah hauptsächlich durch den nationalsozialistischen Reichsarbeitsdienst. In Rühen bestand ein Lager des Reichsarbeitsdienstes, das nahe am Kanal lag. Von 1944 bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs wurde es als Lager für Säuglinge und Kleinkinder ausländischer Zwangsarbeiterinnen genutzt. Ein großer Teil der Kinder starb dort im Säuglingsalter wegen Vernachlässigung.

Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges war Rühen bis zur Wende Grenzkontrollstelle und Zollhafen für den Güterverkehr durch die DDR nach Berlin.

Bis zur niedersächsischen Kommunalreform am 1. Juli 1972 gehörte Rühen zum Landkreis Helmstedt. Die Gemeinde Rühen bildete mit den teilweise ebenfalls neu zugeschnittenen Gemeinden Tiddische, Bergfeld und Parsau die Samtgemeinde Rühen im Landkreis Gifhorn, bevor die vier Gemeinden am 15. März 1974 Teile der Samtgemeinde Brome wurden.

Nach dem Krieg wuchsen die Gemeinde und insbesondere der Ort Rühen sehr schnell. Waren es zunächst Flüchtlinge und Vertriebene, die im Norden Rühens bauten, so bauten in den 1970er und 1980er Jahren vor allem Mitarbeiter des Volkswagenwerkes Wolfsburg im Ostteil des Ortes. Inzwischen sind auch im Westen Rühens Baugebiete ausgewiesen und bebaut worden.

Rühen besitzt einen stillgelegten Bahnhof sowie 2005 stillgelegte Gleisanlagen, die von der Kleinbahn Wittingen-Oebisfelde GmbH und ab 1944 von der OHE (Osthannoversche Eisenbahnen) genutzt wurden. Die Strecke verband ab 1909 Rühen mit Oebisfelde und Wittingen. 1944 wurde ein Zug östlich der Kanalbrücke von einer Bombe getroffen. Es gab drei Tote. Durch die deutsch-deutsche Grenzziehung kam der Zugverkehr nach Oebisfelde 1945 zum Erliegen. Die Strecke wurde zunächst noch in nördlicher Richtung (Wittingen) genutzt. Sie hatte eine gewisse Bedeutung für Pendler zum VW-Werk in Wolfsburg, die allerdings ab Rühen mit dem Bus nach Wolfsburg fahren mussten. 1974 wurde der Personenverkehr eingestellt. 2008 wurde ein Teil des Bahnhofsgeländes als Gewerbegebiet, der andere Teil als Wohngebiet ausgewiesen.